Естествената лимонена киселина е широко разпространена в природата и съществува в плодовете на растения като лимони, цитрусови плодове, ананаси, както и в костите, мускулите и кръвта на животни. Изкуствено синтезираната лимонена киселина се произвежда чрез ферментация на захар, съдържаща вещества като захар, меласа, нишесте и грозде.

Много видове плодове и зеленчуци, особено цитрусовите плодове, съдържат голямо количество лимонена киселина, особено лимонът и лаймът - те съдържат голямо количество лимонена киселина и след изсушаване съдържанието може да достигне 8% (съдържанието в плодовия сок е около 47 g/L). В цитрусовите плодове съдържанието на лимонена киселина варира от 0,005 mol/L за портокали и грозде до 0,30 mol/L за лимони и лайм. Това съдържание варира в зависимост от растежа на различните култивирани видове и растения